Wybe Kooijmans kreeg zijn eerste pianolessen op achtjarige leeftijd, zijn eerste orgelessen op veertienjarige leeftijd aan de Verenigde Muzieklycea te Hilversum. Na zijn middelbare schooltijd ging hij naar het SweelinckConservatorium te Amsterdam waar hij in 1984 afstudeerde in hoofdvak orgel (bijvak piano). Hierna volgde hij enige malen de Mastercursus voor Interpretatie en Improvisatie van de beroemde Franse organist Jean Guillou.

Na vanaf ca. 1975 werzaam te zijn geweest als organist in verschillende kerken in het Gooi werd hij in 1987 benoemd als een der organisten van de Grote Kerk in Naarden; sedert 2004 is hij er hoofdorganist. Als zodanig is hij lid van de Commissie Erediensten, de Orgelcommissie en de Concertcommissie. Op het monumentale Witte-orgel (1862) van deze kerk maakte hij meerdere cd-opnamen.

Als organist geeft hij in Nederland geregeld concerten, internationaal speelde hij in Duitsland, Frankrijk, Engeland, Canada, Zwitserland en Rusland, alwaar hij in Oktober 2007 het nieuwe orgel in de Philharmonie in Novosibirsk inwijdde.

Als begeleider heeft hij veel ervaring opgedaan bij de vele koren en solisten die hij in de loop der jaren muzikaal terzijde stond. Sinds 1997 is hij repetitor van het koor van de Nederlandse Händelvereniging; daarna volgde vaste verbanden met Vocaal Ensemble Fioretto en het Concertkoor Baarn. Van 2000 tot 2004 maakte hij deel uit van de werkgroep 'Zingend Geloven'; voor enkele gelijknamge liedbundels componeerde hij een aantal kerkmelodieën. In de reeks 'Musica Selecta' verschenen reeds een vijftal bundels waarin tot dusver onuitgegeven (versies van) koraalbewerkingen van Feike Asma (1912 - 1984) het licht zagen. Tevens publiceerde hij een aantal koraalbewerkingen voor orgel.